Για την υλοποίηση του αναπτυξιακού σχεδιασμού της χώρας κατά την προγραμματική περίοδο 2007-2013, η Ελλάδα χωρίσθηκε σε πέντε χωρικές ενότητες, στις οποίες αντιστοιχούν πέντε Περιφερειακά Επιχειρησιακά (ΠΕΠ), ως εξής:

• Ε.Π. ΜΑΚΕΔΟΝΙΑΣ – ΘΡΑΚΗΣ
• Ε.Π. ΔΥΤΙΚΗΣ ΕΛΛΑΔΑΣ – ΠΕΛΟΠΟΝΝΗΣΟΥ – ΙΟΝΙΩΝ ΝΗΣΩΝ
• Ε.Π. ΚΡΗΤΗΣ ΚΑΙ ΝΗΣΩΝ ΑΙΓΑΙΟΥ
• Ε.Π. ΘΕΣΣΑΛΙΑΣ- ΣΤΕΡΕΑΣ ΕΛΛΑΔΑΣ – ΗΠΕΙΡΟΥ
• Ε.Π. ΑΤΤΙΚΗΣ

Τα ΠΕΠ θα συμβάλουν στην κάλυψη των εθνικών στρατηγικών στόχων συμπληρωματικά με τα τομεακά προγράμματα, με έμφαση στα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά και στις ανάγκες κάθε χωρικής ενότητας / Περιφέρειας.

Σε κάθε περίπτωση, τα ΠΕΠ για όλες τις Περιφέρειες θα καλύψουν ένα κοινό κορμό παρεμβάσεων ως εξής:

• κοινωνικές υποδομές
• υγεία και κοινωνική αλληλεγγύη (υποδομές νοσοκομείων και δομών κοινωνικής φροντίδας, ειδικών μονάδων, κέντρων υγείας και ανοιχτής φροντίδας, εξειδικευμένος εξοπλισμός, μέτρα ανάπτυξης και προστασίας της Δημόσιας Υγείας)
• πολιτισμός (ενίσχυση των βασικών πολιτιστικών υποδομών, προστασία και ανάδειξη της πολιτιστικής κληρονομιάς)
• έργα προσπελασιμότητας και περιβάλλοντος τοπικής κλίμακας
• πολιτικές βιώσιμης αστικής ανάπτυξης
• πολιτικές ενίσχυσης ορεινών, μειονεκτικών, νησιωτικών περιοχών